晴朗時節，江戶川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小蘭（山崎和佳奈 配音）以及少年偵探團的伙伴們一同來到京都，他們即將登上自衛隊的宙斯盾戰艦，體驗一把出海作戰的感覺，期間還結識了美麗又有著幾分神秘的女自衛隊員藤井七海（柴咲幸 配音）。誰知快樂的氛圍很快被恐慌所替代，戰艦上突然發現一條斷掉的手臂，消失的自衛隊員又引起軍方的恐慌與猜測。原來某國神秘間諜X已悄悄登上宙斯盾，伺機盜取戰艦...

1988年7月，關東地區使用新型炸彈進行爆破，第三次世界大戰即刻爆發。31年后，人類從一片廢墟中重建都市，東京灣上建立了巨大城市——新東京。世界仿佛要恢復到以前的繁榮。　　2019年的一個夜晚，新東京郊外的封閉高速公路上，暴走族團體正在公路上飆車。帶頭的少年，是一名叫做金 田的職業高中學生。　　突然，街上出現了一位奇怪的矮個子男子，暴走族少年鐵雄為躲避車禍連人帶車飛出公路。正當金田要拿那位男子問罪...

在蔚藍得令人心傷的那天，剛剛因《宛如青空》得到世人認可的井上心葉（入野自由 配音），伊人自屋頂飛身躍下的那一幕永遠留在他的心中，滴血不止。許多年前，小學時代的心葉（齋藤千和 配音）結識了一個頗有些怪異的女孩子——朝倉美羽（平野綾 配音）。美羽出身于破裂的家庭，父母爭吵打架，小女孩的心頭過早蒙上陰影。她在文學世界中尋找瑰麗夢想，卻被同學看作謊話精加以疏遠。獨來獨往的每一天，只有心葉愿意靠近她，傾聽美...