千年一次的彗星之夜里，愿望將會實現……　　立志成為出色的神奇寶貝訓練師的小智、小遙和小勝，帶著皮卡丘展開了新的旅程。為了觀看千年彗星出現的剎那，來到恩斯游樂場，并認識魔術師巴特勒與戴安。在魔術表演中，小勝聽到一陣細微的呼喚聲…　　那是在〝沉眠之繭〞中沉睡了千年，可幫助人類達成愿望的神奇寶貝——基拉祈。在千年彗星出現的夜晚，如果遇到擁有純真心靈的伙伴便會蘇醒。為了讓基拉祈醒來，巴特勒請小勝當基拉祈的...

大崎娜娜（樸璐美 配音），心懷音樂夢的朋克女青年，曾在家鄉和男友本城蓮（木內秀信 配音）、好友高木泰（川原慶久 配音）、寺島伸夫（關智一 配音）合組樂隊Black Stones，后因蓮被當紅樂隊Trapnest挖角到東京發展，二人被迫分手。時隔兩年，娜娜也決定前往東京， 找來泰和伸夫重整Black Stones旗鼓，誓要和蓮的Trapnest一拼高下。小松奈奈（KAORI 配音），永遠沉浸在戀愛...

這個星球上生活著不可思議的生物神奇寶貝。現在開始講述少年小智和神奇寶貝們的相遇、冒險和戰斗經歷的故事。...